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Bom Dia! 
Estou com dúvida sobre o serviço de impressão do Windows Server 2008R2. As minha necessidades são essas :

• Especifica cota por usuário
• Quantidade de página impressa
• Limita o tipo de extensão  ex: jpeg, bmp,etc  

Essas funcionalidades é possível ?

Nativamente no Windows não, existem diversos aplicativos para controle de impressão no mercado.
Já usei o PaperCut e o resultado é extremamente satisfatório http://www.papercut.com/lang/portuguese_brazil/

Algumas empresas de comodato inserem uma licença do software junto ao contrato, se for o teu caso avalia com a empresa.

Vou avaliar! E solução Open Source tem alguma sugestão ?

Testei o Jasmine com o Cups a algum tempo atrás. Para um controle simples serve.